10.01.2012  Новости

Как объявила компания NVIDIA, самый крупный в мире институт геномики BGI сократил время анализа пакетов данных ДНК с почти 4 дней до всего 6 часов с помощью серверов на базе GPU NVIDIA Tesla. Это ускорение стало важным шагом к пониманию того, из каких химических блоков состоит молекула ДНК. Одна из важнейших целей работы всей индустрии – получение генома за 1000 долл.: только тогда геномика сможет практически использоваться в клинических анализах как часть лечебного процесса пациента. Единственный способ это сделать – технологии, ускоряющие и удешевляющие анализ данных ДНК. Ускорение приложений анализа генома с помощью графических процессоров позволит ученым быстрее обрабатывать данные, а значит, исследователи и эксперты смогут быстрее определять высокоэффективные и доступные персональные лекарства и методы лечения. Графические процессоры Tesla – это массивно параллельные ускорители на базе архитектуры параллельных вычислений NVIDIA CUDA. Разработчики приложений могут ускорять их работу с помощью CUDA C, CUDA C++, CUDA Fortran или простых компиляторов на базе директив. Исследователи и сотрудники BGI разработали три приложения анализа данных генома, которые могут ускоряться графическими процессорами NVIDIA Tesla. Блок выравнивания SOAP3 – сравнивает короткие последовательности из секвенатора с существующими стандартными геномными последовательностями. С помощью GPU-ускорения скорость его работы вырастает на порядок. Это означает, что можно быстро ... читать далее.